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生殖器疱疹會在分娩時通過產道傳染給新生兒。 假如母親在懷孕期間感染了病毒， 從受感染產道出生的新生兒有25%的機率腦部會受到損害，1/3的機率死亡。 與此同時，分娩期間和母親體液的接觸也可能造成愛滋病病毒和愛滋病的傳染。在已開發國家，產婦通常會選擇接受剖腹產手術來降低產道感染的風險，然而這種手術在開發中國家並不總是可行的