疾病造成的口臭通常與牙周病菌有關，因為牙周病菌分解口腔之中的蛋白質之後，會產生一些氣體。
這類氣體的味道源自硫化氫（雞蛋腐敗的臭味）、甲硫醇（魚類、洋蔥腐敗的臭味）、二甲硫醚（廚餘的臭味）這類硫化物。
有時候溫泉也會散發類似的味道，但口臭絕對比溫泉的味道更臭。一想到自己的嘴巴會散發廚餘般的臭味，就不禁讓人毛骨悚然。順帶一提，高濃度的硫化氫是會危及性命的有毒氣體。
假設牙周病不斷惡化，齒垢或是舌頭表面白白的「舌苔」也會釋放臭味，口臭也會更加嚴重，此時就算嚼口香糖或是含口齒芳香錠也於事無補。
假設口腔很健康，只要刷刷牙就能減少細菌，也能減少上述氣體的量。一旦牙周病惡化，細菌就會在牙周囊袋築巢，很難以牙刷刷乾淨。
就算將舌頭表面的汙垢刷乾淨，躲在牙周囊袋裡面的細菌又會立刻在舌頭表面繁殖，繼續產生造成口臭的氣體，所以只要沒有解決牙周病這個源頭，口臭這個毛病就無法根治。
除了去牙醫診所去除牙結石、洗牙與治療牙周病之外，也可以自行預防口臭。疾病引起的口臭與唾液的分泌量、疲勞、壓力息息相關，所以只要多刺激唾液腺，就能減緩口臭的問題。